يستخدم الثوم في الطب الشعبي والحديث نظراً لتمتعه بخصائص علاجية فريدة وكثيرة، ولكن هناك بعض الأشخاص يجب عليهم الابتعاد عنه بسبب حالتهم الصحية.
حيث يوصي الأطباء الأشخاص الذين يعانون من مشكلات في الكبد والكلى بعدم تناول الثوم، لأنه يحتوي على عناصر سامة بنسب عالية، قد تسبب تفاقم حالتهم المرضية واضطراب العمليات الكيميائية في أعضاء الجسم.
وأوضحو أن الثوم مضر لكل من يعاني من التهاب بالأمعاء فهو يهيّجها، ولا ينصح أيضاً بتناوله من قبل الأشخاص الذين يعانون من انخفاض ضغط الدم وأمراض العيون لأنه يزيد من انخفاض ضغط الدم، ويرفع من تهيج الأغشية المخاطية للعين.
ونصح الأطباء الأشخاص الذين سيخضعون لعمليات جراحية بعدم تناول الثوم لأنه يحتوي على عناصر كيميائية تساعد في تخفيض كثافة الدم أي يعمل على زيادة ميوعة الدم، كما على النساء الحوامل والمرضعات عدم تناوله لاستحالة التنبؤ بتأثيره على الجنين والرضيع.
وللثوم أيضاً تأثير سلبي في اضطراب نبضات القلب وحصى المرارة والتهاب البنكرياس والصرع والحساسية.
يشار إلى أن الدراسات التي تم إجراها مؤخراً، أكدت أن الثوم لا يكافح السرطان لكنه قد يكون فعال في الوقاية منه لأنه يعزز مناعة الجسم.